ページごとに解析したい時は、例えばTOPPAGEなら
var ID="100914999-TOPPAGE"; のようにすると書かれていますが、
<a href=　の箇所にも、
"http://w1.ax.xrea.com/c.f?id=100914999-TOPPAGE"--のように、idの箇所に-TOPPAGE を付けるのですか？
<script src= や <img src= の箇所も id= のところに付けるのですか？
また、スマホ用タグの <a href= や <img src= についても同様ですか？
どうぞよろしくお願いいたします。

たも 様

平素は弊社サービスをご利用いただき、誠にありがとうございます。
いただきました件につきまして、 <a href= および、 <script src= や <img src には付けなくても大丈夫です。
スマホ用タグにつきましても、同様です。

例えば、
<script type="text/javascript"><!--
var ID="100914999-TOPPAGE";
var AD=0;
var FRAME=0;
// --></script>
<script src="http://j1.ax.xrea.com/l.j?id=100914999" type="text/javascript"></script>
<noscript>
<a href="http://w1.ax.xrea.com/c.f?id=100914999" target="_blank"><img src="http://w1.ax.xrea.com/l.f?id=100914999&url=X" alt="AX" border="0"></a>
</noscript>
となります。

以上、ご参考いただければ幸いです。