手動で広告を挿入しているのですが、まともに表示されず、良くてAccessAnalyzer.comへのリンクのみ表示、悪いと妙な漢字へと文字化けしてしまいます。
恐らくこちらの方の事例と同じ現象です。
http://help.value-domain.com/f_tech_hp/index.cgi?read=8&ukey=0

この現象はどうやらChromeで発生し易いようです。
Chromeはマルチバイト文字コードの自動判別が弱く、他のブラウザで問題なく表示出来る日本語ページでも文字化けして読めなくなることが度々あります。

試しにAccessAnalyzer.comが表示された時のiframeのソースを表示したところ、metaタグが存在していませんでした。
広告表示のスクリプトがどのような動作なのか分かりませんが、もし可能でしたらmetaタグを設定してcharset属性(可能ならばさらにlang属性)の追加をして頂けませんでしょうか。
セキュリティの向上にも繋がる部分ですので(W3C勧告では必須規定)、ご検討よろしくお願い致します。

ぶっきー 様

日頃より弊社サービスをご愛顧くださり、ありがとうございます。
また、ご回答が遅くなり、申し訳ございませんでした。

いただきました件につきましては、タグを、
<script type="text/javascript" src="https://cache1.value-domain.com/xa.j?site=ID.sXX.xrea.com"></script>
にて、お試しいただければ幸いです。
（上記の「sXX」の部分は、ご利用中のサーバーに合せてご修正ください）

なお、上記で改善されません場合は、弊社側で表示状況を確認させていただきたく存じますので、
　●問題の発生しておりますページのURL
を、ご連絡いただきますようお願い申し上げます。

ただ、ユーザーフォーラムでURLを公開いただくことが難しい場合は、個別に状況確認をさせていただきたく存じます。
恐れ入りますが、こちらのユーザーフォーラムではなく、バリュードメインにログインの上（※）、お問い合わせフォームより、お問い合わせいただければ幸いです。
https://www.value-domain.com/support.php
（その際には、ぶっきー 様である旨をご連絡いただきますようお願い申し上げます。なお、すでにお問い合わせいただいている場合は、コメントにて、ぶっきー 様である旨を追記いただければ幸いです）

※
現在、無料サーバー（XreaFree）のご利用には、バリュードメインのユーザー登録が必要となっております。
そのため、まだバリュードメインへのユーザー登録をいただいておりません場合は、大変お手数ではございますが、
https://www.value-domain.com/signup.php
より、新規ご登録をいただきました後、お問い合わせいただきますようお願い申し上げます。

以上、改めてご迷惑をおかけしておりますことをお詫び申し上げます。
その他ご不明な点がございましたら、お気軽にお問い合わせください。